A frutose 2,6- bisfosfato é produzida pela fosforilação da frutose 6- fosfato, e esse processo pode ser regulado através de enzimas alostéricas ou de hormônios.
A produção da frutose 2,6- bisfosfato é regulada alostericamente por duas ações enzimáticas, quinase e fosfatase, presentes em domínios diferentes de uma mesma proteína bifuncional, chamada fosfofrutoquinase II /frutose 2,6- bisfosfatase.
A quinase (fosfofrutoquinase II) possibilita a fosforilação da frutose 6- fosfato e a fosfatase (frutose 2,6- bisfosfatase) atua na hidrólise da frutose 2,6 bisfosfato.
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