A gliconeogênese e a glicólise são reguladas de maneira separada e recíproca, isto é, quando uma delas está ativa, a outra está desacelerada.A frutose 2,6- bisfosfato é um dos reguladores dessas duas vias metabóbilcas. Na glicólise, ela atua como um ativador alostérico da enzima fosfofrutoquinase I, que catalisa a reação de fosforilação da frutose 6- fosfato a frutose 1,6- bisfosfato. Já na gliconeogênese, ela inibe a enzima frutose1,6- bisfosfatase, que atua no processo inverso, desacelerando a produção de glicose.

